Уплата НДФЛ за счет налоговых агентов не допускается. Поэтому если организация удержала из доходов работников одну сумму налога, а перечислила в бюджет большую сумму, то излишне уплаченная сумма подлежит возврату.
Однако поскольку НДФЛ является федеральным налогом, Минфин разрешает излишне перечисленную сумму зачесть в счет уплаты иных федеральных налогов. К федеральным налогам относятся налог на прибыль, НДС, налог, уплачиваемый при применении УСН и др. Для зачета необходимо подать в налоговый орган соответствующее заявление.
Разъяснение в Письме Минфина России от 28.08.2019 № 03-02-07/1/66024